Hafnarstjórn er skipuð fimm fulltrúum sem bæjarstjórn kýs á fyrsta eða öðrum fundi nýkjörinnar bæjarstjórnar og er kjörtímabil hennar hið sama og bæjarstjórnar. Bæjarstjórn kýs formann og varaformann. Bæjarstjórn fer með yfirstjórn hafnarmála en framkvæmdastjórn er falin hafnarstjórn og framkvæmdastjóra Fjarðabyggðarhafna. Hafnarstjórn hefur umsjón með fjármálum, rekstri, viðhaldi og nýbyggingum hafnarinnar. Hún hefur ákvörðunarvald um rekstur hafnarinnar, svo sem ráðstöfun á aðstöðu þ.m.t. leigu á húsnæði í eigu hafnarinnar og á landi hennar. Hún veitir leyfi til starfsemi á hafnarsvæðinu og gerir tillögur til bæjarstjórnar varðandi skipulagsmál á hafnarsvæðinu eftir að tillögurnar hafa fengið umfjöllun umhverfis- og skipulagsnefndar.
Stjórnin starfar samkvæmt
samþykkt sem sett er um störf hennar.
Aðalmenn:
Guðmundur Þorgrímsson (B) formaður
Sævar Guðjónsson (D) varaformaður
Gísli Benediktsson (B)
Ævar Ármannsson (L)
Óskar Þór Hallgrímsson (D)
Varamenn:
Ingólfur Sigfússon (L)
Benedikt Sigurjónsson (B)
Björgvin Már Hansson (B)
Árni Helgason (D)
Grétar Örn Sigfinnsson (D)
Samkvæmt hafnalögum er höfn skilgreind sem afmarkað svæði þar sem gerð hafa verið mannvirki til lestunar, losunar og geymslu fljótandi fara hverju nafni sem þau nefnast,enda skal notkun hennar öllum heimil gegn ákveðnu gjaldi. Hafnirnar Fjarðabyggðar eru sex og staðsettar í öllum byggðakjörnum, en þeir eru, taldir frá norðri til suðurs:
-
Mjóafjarðarhöfn
-
Norðfjarhöfn
-
Eskifjarðarhöfn
-
Reyðarfjarðarhöfn
-
Fáskrúðsfjarðarhöfn
-
Stöðvarfjarðarhöfn
Skilgreining hafnanna kemur fram í hafnarreglugerð Fjarðabyggðarhafna.