Hafnarsjóður Fjarðabyggðar rekur sex hafnir í öllum byggðakjörnunum sveitarfélagsins og er í flokki öflugustu hafnarsjóða á landinu enda kemur óvíða meiri fiskafli á land á Íslandi. Eins og gefur að skilja hefur fiskur og fiskafurðir vegið þungt í flutningi um hafnirnar en nú síðari ár hafa vöruflutningar aukist umtalsvert til viðbótar við fiskinn. Í fyrstu vegna innflutnings á tækjum og búnaði fyrir byggingu virkjunar og álvers Alcoa, en síðan vegna inn- og útflutnings hráefnis og afurða fyrir álframleiðslu Alcoa - Fjarðaáls.
Fjarðabyggðarhafnir vinna nú að því að hasla sér völl í móttöku skemmtiferða skipa, en komum þeirra til landsins hefur fjölgað jafnt og þétt undanfarin ár.
Í dag er heildarlengd hafnakanta hafnarsjóðs um 3.050 metrar og eru stálþilskantar þar af um 2.650 metrar. Ótalin er þá hafnaraðstaða smábátahafnanna sem til staðar er í öllum byggðarkjörnum.
Alla almenna þjónustu er að fá í Fjarðabyggðarhöfnum, enda fjölmörg öflug og traust fyrirtæki til staðar sem tilbúin eru til að veita úrvals þjónustu, hvort heldur er á veiðarfærum, skipum eða búnaði. Þá er úrvar afþreyingar sömuleiðis að finna í sveitarfélaginu sem sjófarendur geta nýtt sér.