Hafnarsjóður Fjarðabyggðar rekur sex hafnir í öllum byggðakjörnunum en það eru hafnirnar á Mjóafirði, Norðfirði, Eskifirði, Reyðarfirði, Fáskrúðsfirði og Stöðvarfirði. Fjarðabyggðarhafnir er í flokki öflugustu hafna landsins og kemur óvíða meiri fiskafli á land á Íslandi auk þess sem hún er ein stæðsta vöruflutninga höfn landsins.
Hjá Fjarðabyggðarhöfnum eru um 3.030 metrar af hafnarköntum, en af þeim eru um 2.630 metrar stálþil, um 300 metrar harðviðarbryggjur og um 100 metrar af steypum kanti. Inn í þessum tölum er bryggjupláss í smábátahöfnunum ekki meðtalin, en smábátahafnir eru í öllum sex byggðarkjörnunum. Þar er um að ræða bæði fastakanta og flotbryggjur, ýmist úr timbrið eða steyptum einingum.